Koloni-koloni Inggeris di Amerika telah terbentuk daripada projek-projek yang berlain atau berasingan (asal-usul dan pengalaman yang berlainan), dan sebahagian besarnya telah mengalami pembangunan sendiri dengan sedikit hubungan atau kawalan dari tanahair, London. Menjelang pertengahan abad ke-17, dengan meningkatnya kejayaan penerokaan ke atas benua Amerika Utara telah menimbulkan tekanan di England untuk menyeragamkan struktur empayarnya.

Desakan Untuk Penyusunan Semula
Menurut tuntutan yang dibuat, penyusunan semula adalah perlu untuk menjaminkan kejayaan sistem perdagangan, yakni asas ekonomi orang Inggeris. Di jajahan baru, dalam usaha untuk memenuhi matlamat perdagangannya, kerajaan England telah mengambil keputusan untuk menghalang penglibatan orang asing (bukan Inggeris) dalam jaringan perdagangan kolonialnya. Tindakan seumpama juga telah diambil oleh kuasa Sepanyol, iaitu mewujudkan sistem monopoli perdagangan. Namun, keputusan ini telah menjadi benih konflik atau menimbulkan permusuhan kerana ramai penduduk koloni telah membina hubungan perdagangan yang lebih menguntungkan ketika itu dengan orang Sepanyol, Belanda, dan Perancis. Justeru itu, mereka pasti akan menentang sebarang campurtangan dalam aktiviti tersebut.

Kerajaan Inggeris mula membuat peraturan perdagangan kolonial pada tahun 1650an apabila Parlimen meluluskan undang-undang melarang kemasukan kapal-kapal dagang Belanda ke koloni-koloni Inggeris di Amerika. Seterusnya parlimen telah meluluskan tiga Akta Pelayaran (Navigation Acts) yang penting. Pertamanya, pada tahun 1660 sebuah Akta Pelayaran diluluskan untuk menutup pintu semua koloni kepada kapal-kapal pedagang asing melainkan kapal dagang Inggeris, dan mensyaratkan hasil tembakau dan lain-lain barangan yang dieksport dari koloni-koloni Inggeris hanya dihantar ke England ataupun mana-mana jajahan Inggeris yang lain. Keduanya, pada tahun 1663, Akta Pelayaran mengenakan peraturan ke atas semua jenis barangan yang import dari Eropah ke koloni-koloni Inggeris adalah tertakluk kepada sistem cukai England. Barang-barang dagang harus terlebih dahulu dikenakan cukai di England sebelum dihantar ke koloni-koloni Inggeris di Amerika Utara. Ketiganya, pada tahun 1673, Akta Pelayaran yang diluluskan adalah untuk mengenakan duti ke atas aktiviti perdagangan di kawasan pantai koloni-koloni, terutamanya dengan perlantikan pegawai-pegawai kastam untuk menguatkuasakan akta-akta tersebut. Akta-akta ini, bersama-sama dengan pindaan dan tambahan yang dibuat kemudiannya telah menjadi asas peraturan dalam sistem perdagangan England di Amerika untuk tempoh lebih kurang satu abad berikutnya.

Penguasaan New England
Sebelum penubuhan Akta-akta Pelayaran tersebut, semua kerajaan koloni (kecuali Virginia, sebuah 'koloni diraja' (royal colony) dengan seorang gabenor dilantik oleh raja England) telah beroperasi secara sendiri dengan campurtangan yang minima dari kerajaan England. Setiap koloni melantik gabenor sendiri melalui pengundian di kalangan pemilik-pemilik tanah ataupun golongan penduduk kaum lelaki di sesebuah koloni, dan mereka juga mempunyai kuasa dewan perwakilan masing-masing yang efektif. Kerajaan di London berpendapat bahawa untuk menambahkan kawalannya ke atas semua koloni di Amerika, maka satu langkah yang berlainan dan terasingan daripada pemikiran kerajaan-kerajaan koloni perlu dilakukan.

Pada tahun 1675, raja England telah menubuhkan satu badan, dikenali Lords of Trade (Lembaga Perdagangan) untuk merangka cadangan-cadangan pemulihan empayar. Berdasarkan nasihat badan tersebut, pada tahun 1679 raja England mula bertindak mengambil langkah untuk meningkatkan kawalannya ke atas Massachusetts, yakni merupakan koloni yang paling defiant (degil atau ingkar) antara semua koloni di Amerika. Baginda telah melucutkan kuasa pemerintahan Massachusetts ke atas New Hampshire dan menubuhkan sebuah piagam berstatuskan royal colony dan baginda sendiri akan melantik seorang gabenor untuk New Hampshire. Sementara itu, baginda berusaha mencari langkah-langkah yang sah bagi memansuhkan piagam yang dimiliki oleh Massachusetts dengan harapan menjadikan koloni tersebut sebagai sebuah royal colony. Tidak beberapa lama kemudian, baginda mula yakin untuk mengambil tindakan terhadap Massachusetts, iaitu apabila badan Massachusetts General Court (Mahkamah Am Massachusetts) telah menafikan hak kuasa Parlimen England untuk meluluskan undang-undang ke atas koloni-koloni di Amerika. Akhirnya, pada tahun 1684 raja England telah berjaya memansuhkan piagam Massachusetts.

Adik kepada raja Charles II, raja James II yang menaiki takhta pada tahun 1685 dikatakan berusaha meneruskan dasar pemerintahan yang sedia ada. Baginda telah membentuk kekuasaan atau dominion New England, iaitu dengan menggabungkan kerajaan Massachusetts dengan kerajaan-kerajaan koloni yang lain dalam lingkungan wilayah New England. Kekuasaan ini telah diperluaskan ke atas New York dan New Jersey kemudian. Baginda telah memansuhkan semua dewan perwakilan yang sedia wujud di koloni-koloni berkaitan dan melantik seorang gabenor, Sir Edmund Andros untuk mentadbir seluruh wilayah dari pejabatnya di Boston. Oleh kerana sikap dan tindakan beliau yang tegas serta menafikan hak asasi penduduk berketurunan Inggeris telah menyebabkan pemerintahan Andros tidak disenangi.

Revolusi Agung (Glorious Revolution)
James II bukan sahaja kehilangan sahabat di Amerika,malah telah mewujudkan musuh yang sangat kuat dan ramai di England ekoran perlakasanaan pemerintah secara autokratik ke atas parlimen dan mahkamah serta melantik sahabat-sahabat seiman (agama khatolik) ke jawatan yang tinggi. Menjelang tahun 1688, baginda mula kehilangan sokongan ramai dan ini memberi peluang kepada parlimen menjemput anak perempuannya, Puteri Mary yang beragama protestan dan suaminya, Putera William of Orange yang memerintah negara Netherland (Holland) untuk merampaskan takhta England. Oleh itu, James II tidak dapat mempertahankan tahktanya lalu lari menyelamatkan diri ke Perancis. Dengan kejayaan satu tindakan rampasan kuasa yang tidak melibatkan pertumbahan darah ini telah dikenali sebagai Glorious Revolution. William dan Mary telah menjadi pemerintah bersama.

Apabila penduduk koloni di bandar Boston mengetahui berita penggulingan raja James II di England, mereka segera bertindak menjatuhkan viceroy (wizurai) di New England. Andros telah ditangkap dan dipenjarakan. Pemerintahan baru di London telah menyambut baik tindakan mengguling Andros dan serta merta memansuhkan dominion New England untuk memberi laluan kepada penubuhan kerajaan koloni masing-masing. Namun, apa yang berlaku adalah sebaliknya. Mereka tidak berbuat seperti yang diharapkan oleh kerajaan di London. Pada tahun 1691, mereka telah menyatukan kerajaan Massachusetts dengan Plymouth untuk menjadi sebuah koloni diraja. Sebuah piagam baru dianugerahkan untuk menghidupkan semula Mahkamah Am tetapi memberi hak kuasa kepada raja untuk melantik gabenornya. Piagam tersebut juga telah memansuhkan prinsip keahlian berdasarkan gereja kepada keahlian berdasarkan pemilikan harta sebagai asas hak mengundi dan menjawat jawatan kerajaan.

Selama ini Andros telah menjalankan pemerintahnya di New York melalui peranan seorang lieutenan gabenor, Kapten Francis Nicholson yang menikmati sokongan daripada golongan peniaga dan pedagang bulu binatang yang kaya dalam wilayah New England. Manakala golongan lain, seperti petani, mekanik, peniaga kecil dan peruncit telah menjadi mangsa penindasan pemerintahan Nicholson dan penyokong-penyokongnya. Kepimpinan di New York telah mendapat tentangan kuat daripada Jacob Leisler, seorang imigran dan saudagar kaya dari Jerman. Beliau telah berkahwin dengan anak perempuan sebuah keluarga orang Belanda yang berpengaruh tetapi kedudukan beliau sebagai golongan kelas pemerintah masih tidak diiktiraf oleh Nicholson. Pada bulan Mei 1689, ketika berita mengenai kemenangan Revolusi Agung di England dan kejatuhan Andros di Boston sampai ke pengetahuan penduduk New York, Leisler terus menubuhkan sebuah angkatan militia dan menawan bandar pelabuhannya menyebabkan Nicholson terpaksa melarikan diri, dan Leisler mengisytihar diri menjadi ketua pemerintah baru bagi kerajaan New York. Beliau mengambil masa selama dua tahun untuk menstabilkan kuasanya daripada sebarang kemungkinan penentangan. Pada tahun 1691, apabila putera Willian dan puteri Mary melantik seorang gabenor ke New York, Leisler terus bangkit menentangnya Namun akhirnya beliau akur, tetapi kesempatan ini telah diguna oleh musuh-musuh politik untuk mengheret beliau ke muka pengadilan kemudian. Beliau telah dituduh dan didapati bersalah atas kesalahan treason (khianat) lalu dihukum bunuh. Sejak itu, persengketaan yang sengit antara penyokong Leisler dan anti-Leisler (dikenali Leislerians dan anti-Leislerians) telah mendominasi arena politik di New York dalam tempoh tahun-tahun seterusnya.

Di Maryland, ramai penduduknya salah tanggapan apabila mendapat berita meletusnya Revolusi Agung bahawa pemegang amanah mereka, Lord Baltimore yang beragama Katholik dan tinggal di England telah memihak kepada raja Katholik James II untuk menentang William dan Mary. Maka pada tahun 1689 John Coode, seorang penganut agama Protestan dan pemimpin golongan penentang pemerintahan Lord Baltimore telah bangkit memimpin satu pemberontakan di Maryland dan berjaya menghalau pegawai-pegawai Lord Baltimore. Pemberontak telah menghantar permohonan ke London untuk mendapatkan piagam baru agar Maryland diterima atau diisytiharkan menjadi sebuah royal colony. Pada tahun 1691, kerajaan William dan Mary telah memansuh hak amanah Lord Baltimore ke atas Maryland. Dengan itu, koloni telah mengisytiharkan Church of England menjadi agama rasmi dan menutup jawatan-jawatan kerajaan kepada penganut-penganut Katholik. Namun demikian, pada tahun 1715 Maryland telah kembali semula menjadi proprietary colony setelah Lord Baltimore Kelima memeluk agama Anglikan.

Dapat dirumuskan bahawa Revolusi Agung yang berlaku pada tahun 1688 di England telah memulakan revolusi, terutamanya tanpa melibatkan pertumbahan darah dalam beberapa koloni Inggeris di Amerika. Di bawah pemerintahan raja William dan ratu Mary, kerajaan-kerajaan perwakilan yang telah dimansuhkan oleh raja James II dahulu telah dihidupkan semula, dan skim penyatuan kuasa koloni dari atas telah dimansuhkan. Walau bagaimanapun, Revolusi Agung bagi pandangan rakyat koloni Inggeris di Amerika bukanlah satu perjuangan untuk menuntut ataupun satu kejayaan pemerintahan kerajaan sendiri oleh koloni-koloni. Misalnya, di New York dan Maryland kebangkitan pemberontakan adalah bertujuan untuk menghapuskan pemerintah yang kurop dan mengatasi masalah pengasingan agama pada peringkat tempatan, dan bukanlah bertujuan menangani masalah pada empayar. Ini dapat dijelaskan, iaitu setelah tamatnya revolusi maka kedua-dua koloni tersebut telah membenarkan peningkatan kuasa kawalan pemerintah di London, atau bukan sebaliknya. Menjelang penghujung abad ke-17 atau sebelum abad pertama petempatan orang Inggeris di Amerika berakhir, koloni-koloni telah mula berkembang pesat menjadi sebahagian daripada sistem imperial atau empayar England.